شماره ثبت ملی: 295
قدمت: قرن 4 هـ. ق تا صفویه
نشانی اثر: مرکز شهر قاین- خیابان امام خمینی
اين مسجد بنایی است بسیار قدیمی و درنهایت شکوه و جلال که علاوه بر روحانیت معنوی دارای ظاهری دلچسب و فرح انگیز است.امروز با گذشت 1100سال همچنان این بنا بلندترین عمارت قاین می باشد.
درمورد بنای اولیه آن اختلاف نظر وجود دارد .استقرار یکی از پایه های مسجد بر روی آتشکده ساسانیان گویای تاریخ کهن آن است.اغلب مورخان وجهانگردان در بیان و معرفی شهر قاین به مسجدجامع صراحتا اشاراتی داشته اند.صوره الارض ابن حوقل (331ه ق)می نوسید:
قاین وسعت آن چند سرخس است و بناهای آن از گل ودارای قهندژ(کهندژ)است که خندقی درپیرامون دارد و مسجد جامع و دارالاماره در قهندژاست.
قاین شهری بزرگ و حصین است گرد شهر خندقی دارد و مسجد آدینه به شهر اندر است و آنجا که مقصوره است تاقی عظیم و بزرگ چنانکه در خراسان از آن بزرگتر ندیدیم و آن تاق نه در خور مسجداست و عمارت همه شهر به گنبد است .
از آنجایی که اصطخری مسجد جامع را در قهندژ(ارگ)قاین و در کنار دارالاماره دانسته در حالی که صد سال بعد ناصر خسرو و مسجد را در قسمت اماکن عمومی شهر توصیف می کند.احتمال دارد مسجد کنار دارالاماره در طی صد سال بر اثر زلزله ویران شده و مسجد جامع بعدی بر جای نیایشگاه ساسانی ساخته شده باشد.
از کتیبه های متعدد مسجد جامع می توان نتیجه گرفت که این بنا بارها بر اثر زلزله صدمه کلی دیده و مرمت شده است .
در یکی از کتیبه های ایوان بسال 796هجری قمری نوشته شده :این بنا به فرمان جمشید قارن از خاندان معروف قارن که در دوره امیر تیمور جهانگشا حاکم قاین و مدتی حاکم ساری و دامغان بود تعمیر ومرمت شد.
لوحه ای به خط رقاع در داخل رواق پنجم درضلع شمالی حیاط مسجد می باشد و تاریخ آن اول رجب سال 921است.مضمون کلی آن مربوط به زمان فرمانروایی امیر سلطانی است که در (919-921)هجری از سوی شاه اسماعیل صفوی در قاین به این مقام منصوب شد.
سنگ لوحی در سمت راست ورودی ایوان مسجد به ابعاد 120*50سانتی متر و با خط بسیار زیبای رقاع که شاه سلیمان صفوی امر به بازسازی مسجد داد بتاریخ 1080هجری قمری کرده است.
در کاوشهای شبستان شمالی به سال 1354ستونهای سنگی با درازاوپهنای یک متر در یک متر از سنگ و لاشه وملات وساروج کشف شده که پایه های کنونی بر روی آنها بنا گردیده وجود یک ستون چهار قلو در شبستان مشابه ستونهای مسجد جامع اصفهانی قدمتی از دوره سلجوقی را نشان می دهد که احتمالا دردوره تیموری تجدید بنا گردیده گمانه زنی در این محل به عمق 60سانتی متر وکشف قطعاتی از آجرو سفالهای سلجوقی نشان داد که مسجد در یک زلزله شدید خراب گردیده است